Video: Šta je BAM indeksna datoteka?
2024 Autor: Lynn Donovan | [email protected]. Zadnja izmjena: 2023-12-15 23:44
A BAM fajl (. bam ) je binarna verzija SAM-a fajl . A SAM fajl (. sam) je tekst razdvojen tabulatorima fajl koji sadrži podatke o poravnanju sekvenci. Indeksiranje : IGV zahtijeva da i SAM i BAM fajlovi biti sortiran po poziciji i indeksirano , i da je indeksne datoteke slijediti određenu konvenciju imenovanja.
Isto tako, ljudi se pitaju, kako da otvorim BAM fajl?
Iz File meni izabrati Otvori i odaberite BAM fajlovi sa lijeve strane. Odaberite dugme na desnoj strani koje kaže Dodaj a BAM fajl . Idite do BAM Test Fajlovi folder koji ste preuzeli odaberite with_index_with_graph. Kliknite Otvori , odaberite map.
Drugo, kako da konvertujem BAM fajl u Fastq? Ispod su koraci za pretvaranje BAM datoteke u FASTQ format. Ovo će raditi na Linuxu i zahtijevat će SAMTOOLS i BEDTOOLS
- Preuzmite SAMTOOLS.
- Izvucite pomoću naredbe tar xzvf samtools-version.tar.bz2.
- To će kreirati folder pod imenom samtools-version.
- Pomaknite se u direktorij cd samtools-version.
Isto tako, kako da pretvorim BAM datoteku u SAM datoteku?
To pretvoriti SAM to BAM , koristimo samtools view naredbu. Moramo specificirati da je naš unos in SAM format (podrazumevano očekuje BAM ) koristeći opciju -S. Takođe moramo reći da želimo da rezultat bude BAM (podrazumevano proizvodi BAM ) sa opcijom -b.
Šta radi Samtools view?
Samtools je skup uslužnih programa koji manipulišu poravnanjima u BAM formatu. Uvozi iz i izvozi u SAM (Sequence Alignment/Map) format, radi sortiranje, spajanje i indeksiranje, i omogućava brzo preuzimanje čitanja u bilo kojoj regiji. Samtools dizajniran je za rad na streamu.
Preporučuje se:
Da li je TIFF datoteka vektorska datoteka?
TIF – (ili TIFF) je skraćenica od Tagged Image File Format i velika je rasterska datoteka. TIF datoteka se prvenstveno koristi za slike u štampanju jer datoteka ne gubi informacije ili kvalitet kao što to čini JPEG. To je vektorska datoteka koja može sadržavati tekst kao i grafiku i ilustracije
Koja je razlika između programskih datoteka i programskih datoteka 86x?
Uobičajeni folder Program Files sadrži 64-bitne aplikacije, dok se 'Program Files (x86)' koristi za 32-bitne aplikacije. Instaliranje 32-bitne aplikacije u PC sa 64-bitnim Windowsom automatski se usmjerava na Programske datoteke (x86). Pogledajte Programske datoteke i x86
Šta je organizacija datoteka i datoteka?
Organizacija fajla se odnosi na logičke odnose između različitih zapisa koji čine fajl, posebno u pogledu načina identifikacije i pristupa bilo kom određenom zapisu. Jednostavno rečeno, pohranjivanje datoteka određenim redoslijedom naziva se organizacija datoteka
Šta je datoteka transakcije i master datoteka?
Definicija: transakcijska datoteka. transakcijska datoteka. Kolekcija zapisa o transakcijama. Datoteke podataka u transakcijama koriste se za ažuriranje master fajlova, koji sadrže podatke o subjektima organizacije (kupci, zaposleni, dobavljači, itd.)
Šta su potpisi datoteka ili zaglavlja datoteka koji se koriste u digitalnoj forenzici?
Tipovi datoteka Potpis datoteke je jedinstveni niz identifikacijskih bajtova upisanih u zaglavlje datoteke. Na Windows sistemu, potpis datoteke se obično nalazi unutar prvih 20 bajtova datoteke. Različiti tipovi datoteka imaju različite potpise datoteka; na primjer, Windows Bitmap slikovna datoteka (